Após o segundo impacto, tudo o que resta do Japão é Tóquio-3, uma cidade que está sendo atacada por criaturas gigantes que buscam erradicar a espécie humana, chamada Anjos. Depois de não ver seu pai por mais de oito anos, Shinji Ikari recebe um telefonema no qual lhe é dito que venha urgentemente à sede da NERV, uma organização que lida com a destruição dos Anjos através do uso de mechas gigantes chamados Evas. O objetivo de Shinji é pilotar o Eva Unit 01 enquanto se junta ao piloto do Eva Unit 00, Ayanami Rei.

Um amor é um sentimento que não compreendemos, mas é algo tão sublime, que nos deixa sem ar, sem palavras. Um dia espero sentir esse amor.